納塘寺由僧人頓珠·洛卓札巴建於1033年，距日喀則20公里。雖不如札什倫布寺宏偉，歷史卻早四百年。作為日喀則著名寺院，納塘寺屬於藏傳佛教格魯派（黃教）。儘管寺院面積不大，歷史卻源遠流長。寺內珍藏諸多佛教文獻與經典著作，因而被譽為「西藏圖書館」。
納塘寺最負盛名的是佛經印刷工坊。1730年，西藏地方政府為保存傳承古籍經典，創建此印經院。這座宏偉的印經院耗時二十餘年方告完成，全藏人民以各種形式共襄盛舉。書法家、雕刻師、畫師與青年群聚學習印刷技術，經長期努力，納塘寺印經院產出大量重要藏文典籍。
其印經院規模與貢獻更勝布達拉宮印經院，同時為西藏培養大批印刷人才，對傳承發展西藏印刷文化具有不可估量的作用。
納塘寺建成後，許多高僧駐錫修學，如帝師八思巴之上師欽木·朗嘎札曾在此修行；第一世達賴喇嘛根敦珠巴在此受戒學法十七載，札什倫布寺建成後方移錫日喀則。
寺院曾遭毁壞，1987年於遺址重建三座殿堂。殿內保存十六尊者石雕七尊、第八任住持覺敦·門朗措成三十歲時足印一對，以及八千八百件文物。
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